Tengo que decir que sólo se debe hacer en caso de que no encontremos el paquete para instalar que corresponda a nuestra distribución, ya que no estará optimizado y es posible que se pierda alguna característica o script en la conversión.
Veamos la conversión de un paquete, supongamos opera10.deb a rpm:
$ alien opera10.deb -r ## Esto lo convierte a formato rpm
$ alien opera10.rpm -d ## Esto lo convierte a formato deb
También existe la posibilidad de opción de convertir desde cualquiera de los dos formatos a un fichero .tar.gz mediante la opción -t
El resto de opciones podremos verlas mediante alien --help
El paquete generado deberemos buscarlo en nuestro home.
Enlaces de interés: