Para arreglar el problema vamos a hacer uso algún LiveCD que tengamos a mano, en mi caso es el CD de Ubuntu desde el que instalé el sistema en su día.
Una vez arrancado, vamos al menú Sistema > Administración > GParted.
Como podéis ver yo no tengo Windows instalado, pero deberíamos reconocerla por la columna Sistema de archivos (normalmente sería NTFS para cualquier versión a partir de XP)
Bien, pues deberéis hacer click derecho sobre la partición en la que está Linux instalado y elegir "Gestionar Flags"
Deberíais seleccionar "boot" para que sea capaz de arrancar la próxima vez, y en caso de estar activada "hidden" (oculta) deberíamos desactivarla. En definitiva debería quedar como en la imagen.
Una vez cerrada esta ventana, deberíamos hacer click en el icono del tick verde "Aplicar todas las operaciones" y reiniciar
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